Windows server 2003是微软公开表示加强产品安全性能以确保其代码安全之后所发行的Windows的第一个重要版本。该操作系统曾一度延期三次推出,部分原因就是为了改善产品的安全性和可靠性。新漏洞对Internet Explorer 6造成了影响,该产品同Windows服务器以及其它一些微软的OS共同发行。6月4日发行的附加补丁对这些问题以及IE6中的其它漏洞进行了修补。
在产品发行不久就推出了安全补丁多少有点令人感到困窘,但独立安全研究人士表示,Windows server 2003的默认配置似乎更安全。